Al vanaf de stichting van de abdij werd in Cluny, vanuit een ziekenboeg en een aalmoezenierspost, zorg verleend aan armen en zieken. De aalmoezenier bezocht wekelijks de zieken in de omgeving en bracht hen dan brood en wijn. Al snel ontstond er behoefte aan een aparte voorziening voor de hulpbehoevenden. Met de groei van de abdij trok Cluny immers steeds meer mensen aan.
Dankzij de schenking van een pand vlakbij de abdijmuren, in 1065, kon abt Hugues de Semur het hospitaal Saint-Marcel inrichten. Later veranderde de naam ervan in het hospitaal Saint-Blaise. Mensen kregen er voor drie dagen voedsel en onderdak. Later werden ook op andere plekken in en buiten Cluny hospitalen opgezet. Ze vielen allemaal onder de autoriteit van de abt van Cluny.
Een priester van de Notre-Dame, Julien Griffon, liet in de 17e eeuw al zijn bezittingen na om in Cluny een hospitaal op te richten voor de opvang en verzorging van behoeftige en zieken. De bouw startte in 1646. Na een lange periode waarin de pest heerste, kreeg het in 1674 een octrooi van koning Louis XIV en nog datzelfde jaar arriveerden de ziekenhuiszusters van Sainte-Marthe om er aan de slag te gaan. Aanvankelijk was dit het eerste gemeentelijke ziekenhuis, maar al snel nam de abt de controle ervan over.
Het huidige gebouw is, na ernstige stormschade, vanaf 1703 tot stand gekomen dankzij kardinaal De Bouillon die abt was van Cluny. In de kapel, onder het klokkentorentje, bevindt zich het mausoleum van zijn familie. Ook zijn er elementen te zien uit de abdijkerk zoals een altaar, een kandelaar, een tabernakel en biechtstoelen. De kapel is centraal gelegen tussen de twee grote ziekenzalen zodat dat de patiënten de mis vanuit hun bed konden volgen.
Behalve de kapel en de ziekenzaal is er ook nog een rijk ingerichte administratiekamer. De zuidvleugel, waarin de apotheek is gevestigd, dateert uit 1825. In deze apotheek, met notenhouten betimmering in Empire stijl, is nog een verzameling farmaceutisch aardewerk en porselein alsmede een collectie koper aanwezig.
De zusters van Sainte-Marthe verzorgden tot 1996 de patiënten van dit Hôtel-Dieu. Sinds 2017 vindt er geen ziekenzorg meer plaats.
Het Hôtel-Dieu is op afspraak te bezichtigen met een (Franstalige) rondleiding. Neem hiervoor contact op met het toeristenbureau van Cluny.
