Op de plek van de Saint-Etiennekerk in Nevers stonden in de 7e eeuw een vrouwenklooster en een kerk die was gewijd aan Jezus Christus, de heilige Maagd, de heilige Etienne, de heilige Johannes en de Onschuldige Kinderen. Deze abdij raakte echter in verval en verdween.
In 1063 besloot de toenmalige bisschop om het klooster nieuw leven in te blazen. Enkele jaren later, in 1068, werd het overgedragen aan de abdij van Cluny.
De ruim 50 meter lange priorijkerk werd tussen 1063 en 1097 gebouwd en heeft mogelijk de opzet van de Maior Ecclesia van Cluny beïnvloed. De grote 19e-eeuwse Franse architect Viollet-Le-Duc noemde deze romaanse kerk “het meest perfecte monument dat de 11e eeuw heeft nagelaten aan Frankrijk”.
De gevel is massief en oogt als een fort. Opvallend is de architectonische eenheid van het gebouw; vanaf het koor tot aan de vensters die het gewelfde schip verlichten. Het ontwerp is sober en alle aandacht lijkt te zijn uitgegaan naar de structuur.
De architectuur is in de stijl van eind 11e eeuw. Het middenschip wordt ondersteund door hoge zijbeuken , waarboven zich galerijen met halve tongewelven bevinden. Het koor heeft, net als de Maior Ecclesia, een omgang met straalkapellen. De opbouw bestaat uit drie niveaus.
Ook de kloostergebouwen in Nevers zijn in de 11e eeuw herbouwd. Ze werden in 1420 vernield door een brand en in de 18e eeuw nogmaals (gedeeltelijk) herbouwd.
De priorij van Nevers kreeg talkrijke schenkingen en privileges en Saint-Etienne werd eind 11e eeuw een vrijstaat. Als Seigneur mocht Cluny er de rechtspraak uitoefenen. Saint-Etienne fungeerde als een asiel en bood onderdak aan mensen die waren vrijgesteld van belastingen en militaire dienstplicht.
Dankzij alle schenkingen en de ligging aan de route naar Santiago de Compostella, kwam de priorij tot grote bloei. In de 12e eeuw werden de priorij en het stadje omringd door wallen. De privileges gingen in 1585 verloren; toen werd Saint-Etienne ingelijfd bij Nevers.
Tijdens de Franse revolutie werd de kerk onttrokken aan de eredienst en als schuur in gebruik genomen. Toen werden ook de klokkentorens en de narthex verwoest.
