De Yonne ontstaat in een veenmoeras aan de voet van de Mont Préneley in het zuiden van de Morvan. Deze berg is met 855 meter hoogte, na de Haut-Folin en de Grand Montarnu, de op twee na hoogste van Bourgondië. Hij maakt deel uit van een Natura 2000 gebied.
De ene helling van de Mont Préneley is georiënteerd op het stroomgebied van de Loire en de andere op het stroomgebied van de Seine waartoe de Yonne behoort. De rivier begint als een waterrijk weiland waarin het water al snel een stroom vormt.
Opgravingen hebben laten zien dat er vlak voor onze jaartelling een cultusplek was bij de bronnen van de Yonne. Dit gebied was destijds een buitenwijk van Bibracte, de hoofdstad van de Keltische stam de Haedui die enkele kilometers verderop was gebouwd. Op 100 meter afstand kruisten Gallo-Romeinse wegen elkaar.
Vanaf de 15e eeuw kwam in de Morvan de bosbouw tot ontwikkeling. Het hout van de Mont Préneley werd via het water naar het 800 meter stroomopwaarts gelegen haventje, Port des Lamberts, getransporteerd.
In de geschiedenis van de houtvlotterij speelde de Yonne eeuwenlang een belangrijke rol om stookhout vanuit de Morvan naar Parijs te vervoeren. Hij komt door de plaatsen Corbigny, Clamecy, Auxerre, Migennes, Joigny, Villeneuve-sur-Yonne, Sens en Pont-sur-Yonne.
Na ruim 292 kilometer mondt deze rivier, bij Montereau-Fault-Yonne, uit in de Seine. Omdat hij een grotere debiet heeft, is het eigenlijk de Seine die in de Yonne stroomt. Normaliter wordt de naam aangehouden van de rivier met het grootste debiet. In feite is het dus de Yonne in plaats van de Seine die door Parijs stroomt.
Bij de parking “Port des Lamberts” na de brug op de RD300 voert een wandeling van 3 kilometer langs de bron van de Yonne. Een wandelroute van 4,5 kilometer rond de Mont Prénely vertrekt bij het gemeentehuis van Glux-en-Glenne.